火影忍者中拥有变身技能的角色主要集中在人柱力、血继限界持有者及特殊忍术使用者。九尾人柱力漩涡鸣人可通过尾兽化实现多阶段变身，从最初的一尾状态到完全九尾化，甚至进一步解锁六道模式。宇智波佐助则依靠写轮眼进化获得须佐能乎的不同形态，从骨骼阶段到完全体须佐能乎。重吾的咒印状态、君麻吕的尸骨脉觉醒、药师兜的仙人模式以及大蛇丸的白蛇形态均为典型的变身机制。这些角色的变身能力往往与剧情核心设定紧密关联，如尾兽查克拉、血继限界或仙术修炼体系。
游戏内实现变身需遵循特定操作逻辑。根据火影忍者究极风暴系列设定，常规变身需先结印或蓄力，例如长按Y键激活查克拉后接B键释放忍术。完全体变身如须佐能乎需连续两次Y键触发蓝光状态，而连携奥义则需三次Y键激活赤光状态。PS2版本通过R1键切换状态2角色，PC端则采用回车键长按实现形态转换。部分角色如仙人鸣人、六道带土具有爆发型觉醒机制，需持续按压特定按键触发，且变身期间存在无敌帧判定。
战斗系统中变身技能存在明确克制关系。体术型变身如八门遁甲对幻术忍者有额外伤害加成，而忍术型变身如须佐能乎的远程攻击可压制体术角色。完全体须佐能乎的X轴范围伤害可达基础攻击的15倍，九尾尾兽玉的爆炸半径覆盖全屏80%区域。平衡性调整后，变身状态持续时间普遍限制在8-12秒，冷却时间根据角色强度设定为20-40秒不等。开发者通过能量条机制限制高频变身，例如宇智波斑需积满三格能量才能释放完全体须佐能乎。
资源管理是维持变身状态的核心策略。游戏内查克拉上限决定变身持续时间，通过击败镜像副本可获得提升查克拉容量的强化石。组织商店每周限量兑换的祥云坠饰能减少15%变身冷却，而羁绊副本掉落的血雾之乡套装可增加20%变身伤害。实测满级仙术查克拉回复速度为每秒120点，完全体变身平均消耗2000点查克拉，需合理规划资源获取路径。部分S级角色如宇智波鼬的须佐能乎需消耗6万金币解锁，特权商店随机刷新时性价比更高。
92版本修复了夕象与夜凯技能的生命扣除异常问题，7.05版本调整了君麻吕尸骨脉的伤害系数至180倍属性。当前赛季新增的脸谱变变变玩法允许通过组合元素解锁特殊变身形态，但需要收集至少12个对应角色的脸谱碎片。开发日志显示，后续版本将实装大筒木辉夜的共杀灰骨变身形态，其数据模型中包含独特的空间穿透效果。玩家可通过官方赛事观摩顶级对决中的变身连招应用，年度总决赛中变身技能使用占比达37.6%。
